La génomique personnelle dans la tourmente (2/2) : quel avenir ?

Que la FDA ait raison ou tort, finalement, un constat s’impose : la génomique personnelle dérange.

Certains acteurs économiques peuvent se réjouir de la réaction de l’agence des produits alimentaires et médicamenteux américaine. Au premier rang, du moins selon Fastcompany, les assureurs. Cela peut étonner. Après tout, l’une des principales craintes de nos voisins d’outre-Atlantique n’est-elle pas que leur assureur exige une cartographie de leur génome pour leur faire payer une police à un prix correspondant aux risques réellement encourus ?

En fait, les choses ne sont pas si simples. Il existe une loi aux Etats-Unis, affectueusement surnommée GINA (pour Genetic Information Nondiscrimination Act), qui interdit précisément aux assureurs ce genre d’exigence. Là-bas la couverture santé des citoyens est largement privée, et selon ce que l’on est prêt à débourser, elle peut être plus ou moins complète. C’est d’ailleurs le cas chez nous pour les mutuelles complémentaires. Imaginons, nous dit Fast Company, qu’une personne découvre sur son génome un important risque d’Alzheimer. Elle prendra alors une police lui offrant une couverture pour les maladies de longue durée. Si tout le monde agit ainsi, les assurances n’auront pas les moyens de couvrir tous les soins.

Aux aspects économiques et scientifiques se mêle bien sûr la bonne vieille querelle du libre marché contre la régulation gouvernementale, comme s’en irrite Razib Khan dans Discover Magazine, alors que lui-même ne nie pas ses sympathies conservatrices et libertariennes : « Certains semblent penser que le Tea Party et 23andMe ont quelque chose en commun, et que la FDA et l’administration Obama sont interchangeables », note-t-il. Mais pour lui, ces arguties politiques ne présentent guère d’intérêt, et n’auront pas d’impact à long terme.

Les conseils de santé en question

Reste la question la plus importante. Quelle est la valeur scientifique des conseils de santé fournis par 23andMe ?

Car même s’il est rare que quelqu’un prenne une décision entièrement basée sur ses résultats que lui fournit cette société, il arrive tout de même que des bugs entrainent de gros stress. C’est ce qui est arrivé à l’entrepreneur Lukas Hartmann, lorsque, consultant son génome sur le site de la compagnie, il vit s’afficher le message : « Vous devez explicitement donner votre accord si vous désirez connaître un résultat potentiellement déstabilisant, susceptible de changer votre vie ». Évidemment, dans ces cas-là, on ne peut que cliquer sur « oui ». C’est ainsi qu’il apprit qu’il était porteur d’une maladie génétique grave qui allait le paralyser lentement, et, comme il le lut plus tard sur la Wikipedia (parce que le site de 23andMe ne le précisait pas), finalement mortelle.

Mais notre internaute ne laissa pas abattre. Il décida de vérifier l’information par lui-même. Pour cela, il convertit son génome en « raw data » (infos brutes) et le soumit à un outil disponible sur le web, Promethease. Promethease analyse le génome et effectue une connexion à la Snpedia. Il s’agit d’une Wikipedia du génome, qui répertorie tous les « snp » (les gènes susceptibles d’avoir une action connue sur notre état physique, autrement dit ceux qui sont cartographiés par 23andMe). A partir de là, Promethease effectue un rapport présentant les caractéristiques de santé associées au génome étudié.

Hartmann compulse donc son rapport Promethease et découvre qu’il possède bien les deux gènes récessifs nécessaires à l’apparition de la maladie. Mais, non seulement ceux-ci ne se situent pas à la même place dans le génome, mais en plus ils ne sont pas de la même variante. Bref, 23andMe s’était planté. L’algorithme s’était contenté d’observer la présence de deux versions du gène sans se préoccuper de leur position dans le génome ni des variantes concernées. Hartmann a donc envoyé un rapport de bug à 23andMe, qui s’est excusé et a modifié son algorithme en conséquence.

L’expérience de Hartmann nous apprend autre chose en dehors de la possibilité d’erreurs même très graves : l’existence de Promethease et de la Snpedia. Si 23andMe s’est heurté aux autorités, c’est finalement parce que son service cumulait deux fonctions : réaliser les tests et les commenter. Dans notre article précédent, nous disions que désormais le groupe se contente de donner des données brutes et des informations généalogiques. Il va donc pouvoir continuer à constituer sa base de données, même si c’est plus lentement (parce qu’il va perdre une clientèle potentielle importante). Mais finalement ce n’est pas non plus si gênant pour le consommateur qui est donc, dès aujourd’hui, en mesure de faire analyser son génome par des services tiers, et de comparer les résultats. Certes, cela ne va pas sans poser aussi des interrogations et des inquiétudes : Promethease est encore plus geek que 23andMe. Il va sans dire qu’un tel outil ne vous proposera pas de fenêtre d’alerte en cas de détection d’un problème grave (mais ces fenêtres ne servent pas à grand-chose de toute façon). Et rien ne dit que la Snpedia soit à l’abri des bugs.

Des résultats contradictoires

L’histoire de Hartmann est un cas limite. Mais en général, quelle est la valeur des informations fournies par 23andMe ? En 2009, le fameux Craig Venter et son équipe ont entrepris de tester les différents services de génomique personnelle alors disponibles, c’est-à-dire 23andMe et Navigenics (vidéo). Ils ont envoyé cinq échantillons aux deux compagnies, et ont analysé les pronostics de risque pour 13 maladies communes, incluant le cancer du côlon, le diabète de type 2 et le syndrome des jambes sans repos.

Première découverte, les « data brutes » étaient similaires à 100 % ou presque. Donc, pas de problème ou de bug dans la technique de séquençage elle-même.

En revanche, la situation n’était pas aussi idyllique concernant les commentaires. L’équipe de Venter a constaté des différences importantes. Ainsi, trois des patients ont reçu des conclusions contradictoires pour le lupus et le diabète de type 2. Pour l’un des échantillons, 23andMe indiquait un risque de psoriasis quatre fois supérieur à la normale, alors que Navigenics ne prévoyait qu’un risque supérieur d’un quart à la moyenne. Le journaliste de la Technology Review qui rapporte ces faits raconte qu’il a lui-même effectué un tel comparatif, incluant 23andMe et Navigenics, mais également la société islandaise deCodeMe. Il a obtenu un risque important d’accident cardiaque de la part de Navigenics, moyen pour 23andMe et bas pour DeCodeMe. A noter que cette recherche date de 2009. 23andMe a depuis peut-être modifié ses algorithmes. Quant à Navigenics, cette entreprise a été rachetée par Life Technologies et ne propose plus ce service, de même d’ailleurs que DecodeMe, qui a aussi cessé de vendre des kits au consommateur. Ce qui est assez ironique dans l’article de la Technology Review, c’est qu’il y est écrit que la patronne de 23andMe, Anne Wojcicki, a exprimé son accord avec la suggestion de Venter selon laquelle les algorithmes et l’utilisation des données génétiques devrait être plus transparents et plus exacts, et que les entreprises concernées réfléchissaient à la mise en place de standards… Lesquels verraient leur garde confiée à des institutions indépendantes, comme la Food and Drug Administration !

Cela veut-il dire que la FDA a raison de reprocher à 23andMe de vendre des informations sans fondement ? Pas forcément. Car, actuellement, il est tout simplement impossible de voir dans un test génétique un outil de diagnostic exact. Pour Michael Eisen, spécialiste de l’open science (mais siégeant également au sein du bureau de 23andMe), demander à 23andMe une fiabilité propre à un dispositif médical n’a aucun sens : « LA FDA veut classifier les tests génétiques comme ceux proposés par 23andMe comme des dispositifs médicaux, et donc appliquer les critères stricts utilisés pour ces systèmes aux tests génétiques. Mais le problème est que les tests génétiques actuels ne pourront qu’échouer à remplir ces critères, et je ne vois pas qui pourrait tirer avantage tel tel scénario. Les tests génétiques ne sont pas – du moins pas encore – des outils médicaux, quel que soit le sens qu’on donne à cette expression ».

Ils ne sont pas des outils médicaux, et pourtant, ils se présentent et sont de plus en plus utilisés comme tels. Des médecins expliquent qu’il n’est pas rare de voir arriver des clients de 23andMe réclamant des tests coûteux parce que l’étude de leur génome a fait ressortir un risque de cancer ou de maladie. L’enjeu que pointe en partie l’interdiction de la FDA, est le glissement d’une médecine de soin à une médecine préventive… et, comme l’a montré la double mastectomie d’Angelina Jolie essentiellement basée sur la prise en compte d’un risque génétique, de tenter d’endiguer son explosion publique : tout le monde demain risquant de vouloir prévenir ses maladies à venir…

L’information permet-elle toujours d’agir au mieux ?


L’économiste comportemental Dan Ariely
, lui, se plaint de la manière dont les diagnostics sont présentés : il n’y pas assez de différences, constate-t-il, entre les choses sur lesquelles nous pouvons agir et celle où nous sommes impuissants. « Si j’apprends que j’ai un risque de cholestérol, je peux y faire quelque chose. Mais dans le cas d’une possibilité de cancer du côlon, je ne sais pas comment agir ». L’argument d’Ariely est recevable, même si son exemple est discutable (on peut en effet limiter les risques de cancer du colon avec une bonne hygiène de vie et en se soumettant à des dépistages fréquents pour éviter les diagnostics trop tardifs).

Pour étudier l’effet des kits sur la prise de décision, les membres du labo d’Ariely ont tous commandé un test. Tous, sauf un, ont consulté les résultats. Mais la plupart n’ont pas été satisfaits et ne sont pas retournés sur le site web à la recherche de conseils. Ariely affirme même que la plupart de ses collègues ont trouvé la présentation de l’information plutôt effrayante. Pour Ariely, l’information fournie par 23andMe devrait plutôt insister sur les actions susceptibles d’améliorer la qualité de vie. Selon lui « simplement donner aux gens toute l’information les amènera à agir de façon non optimale ».

Comme toutes pour les techniques de « quantified self », les systèmes de génomique personnelle sont des outils de recherche à la disposition d’utilisateurs très informés, passionnés, mais aussi dotés d’une forte rationalité et d’un certain sang-froid. Le but d’un tel outil est de transformer chacun en analyste et expérimentateur. Tous les consommateurs sont-ils prêts à franchir ce pas ? Faut-il pour autant interdire ce challenge à ceux qui le souhaitent le tenter ?

Inutile de penser qu’au jour d’aujourd’hui, la polémique touchera le grand public. La lecture de notre ADN est bien trop complexe et trop peu précise pour que l’interdiction de la génomique personnelle constitue un véritable enjeu politique. Mais la FDA lance certainement un avertissement inquiétant pour le moment où des applications de mesure de soi plus efficaces et aux conséquences plus disruptives seront à la portée de tous.

Rémi Sussan

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2 commentaires

  1. Il est vrai que la question du génome personnelle est dérangeante. Tout va tellement vite aujourd’hui qu’on en oublie souvent de prendre le recul nécessaire. Les comités d’éthique sont là pour maintenir une certaine barrière dans un monde où la sicence les repousse jour après jour. Il est toutefois difficile de lutter contre cette force inébranlable dans une génération où tout se veut permis. Attention à ne pas nous prendre un mur et à respecter nos aïeux pour prendre les décisions qui ne nuiront pas à l’humanité.

  2. La FDA serait-elle allé un peu vite ?, s’interroge Quartz.

    Selon une étude menée par le chercheur en génétique Robert C Green et l’avocat spécialisé en bioéthique Nita Farahany, la seule chose qu’on devrait exiger de 23&Me est d’être honnête sur les limites de leur tests de santé. Les chercheurs ont montré que la plupart des clients de 23&Me sont allé prendre les conseils d’un médecin avant de prendre des mesure. 58% des 1000 clients de 23&Me interrogés n’ont rien fait du tout de leurs résultats génomiques. Sur les 42% qui ont pris des décisions sur la base des informations de santé de 23&Me, seuls 2% ont changé de régimes de médicament sans consulter un médecin. La majorité des clients ont fait des changement basés sur leur alimentation, l’exercice ou les vitamines. Une autre étude a montré que les tests n’étaient la plupart pas très utiles et que la plupart des clients ne changeaient pas de comportements à cause d’eux. La FDA s’est basée sur un principe de précaution, mais a agit plus sur la base de spéculation qu’autre chose, dénoncent les auteurs de l’étude.

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