Le microbiome, cette communauté de bactéries vivant en symbiose avec nos organes, notamment digestifs, est le nouvel Eldorado des biologistes : on découvre son rôle important dans les différents aspects de la vie des êtres humains, que ce soit en matière de santé, mais aussi par son influence sur notre psychologie.

Lors des ateliers bodyware qui se sont tenus au CRI en 2014, les participants aux workshops se sont d’ailleurs montrés très intéressés par cet aspect du corps humain, ce qui leur inspira une multitude de technologies « futuristes » basées sur cette population microbienne.

Mais, nous explique le magazine Nautilus, le microbiome n’est pas stable. Comme tous les écosystèmes, il évolue. Et pas toujours en bien. L’article expose les travaux d’un couple de scientifiques, Justin et Erica Sonnenburg, qui ont développé une intéressante hypothèse à partir de l’étude d’une équipe de microbiologistes italiens, qui avaient en 2010 étudié et comparé le microbiome de deux populations. L’une, Africaine, basée au Burkina-Faso, se nourrissait de manière très traditionnelle (essentiellement à base de millet et de sorgho), comme nos lointains ancêtres du néolithique le faisaient déjà. L’autre, Italienne, près de Florence, est bien plus habituée à nos burgers, frites et autres nourritures « raffinées » (au sens chimique du terme, pas gastronomique !)

Microbiome ancien et moderne

La différence entre les deux ensembles bactériens est impressionnante, « la plus importante que nous ayons constatée » a expliqué Justin Sonnenburg à Nautilus. La population microbienne africaine était bien plus variée. Cela entraîne une conséquence importante : « Le microbiome occidental, cette communauté de microbes que les scientifiques considèrent comme « normale » et « saine », et donc celle qu’ils ont utilisée comme base de référence pour la comparer à des microbiomes « malades », pourrait être considérablement différente de la communauté [de microbes] qui a prévalu pendant la majeure partie de l’évolution humaine« .

Quelle est la cause de cette plus grande richesse de l' »ancien microbiome » ? Elle serait due, selon les Sonnenburg, à l’absorption bien plus importante de fibres. Cela fait longtemps que les fibres sont conseillées dans l’alimentation, et l’étude du couple de biologistes confirme cette tendance, en allant toutefois bien plus loin que les théories diététiques traditionnelles.

Notre corps ne dispose pas de toutes les molécules nécessaires pour casser et digérer les fibres. Il doit donc employer pour cela des organismes externes, des microbes.

Les Sonnenburg ont expérimenté sur des souris. Ils ont donné à un premier groupe un menu riche en fibres et à l’autre groupe une alimentation qui en était bien moins pourvue. A l’arrivée, pas de surprise. Les souris nourries avec les fibres avaient un microbiome bien plus varié que les autres. Cependant, lorsqu’on redonnait à ces mammifères « appauvris » la quantité nécessaire de fibres, leur faune microbienne s’accroissait et tout redevenait normal.

Mais cela ne s’arrête pas là. Le couple a donné à des souris enceintes le même régime pauvre en fibres. Ils soumirent alors la seconde génération à un test identique, en leur imposant à nouveau la même nourriture (ce qui, tout naturellement, réduisit la variété de leur microbiome) puis en leur redonnant une alimentation appropriée. Mais problème, cette fois, les rongeurs ne se rétablirent pas.

En fait, nous héritons une part de notre microbiome de notre mère. Lorsque celui-ci est appauvri, nous ne récupérons pas toutes les bactéries nécessaires à notre fonctionnement sain. En conséquence, les souris de seconde génération ne purent récupérer leur microbiome, « parce qu’on ne peut regagner ce qu’on n’a jamais hérité« . Naturellement, une expérience sur une troisième génération a montré une aggravation des symptômes.

Les Sonnenburg en ont donc tiré la conclusion suivante. Nous assistons à une extinction de masse des bactéries du microbiome, similaire, selon Nautilus, à l’extinction massive qui se produit actuellement dans tout le monde du vivant.

La nourriture pas seule en cause

Quelles peuvent être les causes de cet appauvrissement ? L’alimentation n’est pas seule en cause. Les antibiotiques, par exemple, ont tendance à tuer indistinctement tous les micro-organismes, qu’ils se révèlent utiles ou non à notre santé. La séparation de notre écosystème naturel, des animaux, des plantes et du sol, la générale aseptisation de notre milieu, pourrait jouer aussi un rôle. Selon les Sonnenburg, cette dégradation du microbiome serait une des causes de la multiplication des maladies non infectieuses : diabète, cancer, obésité, etc. Les populations africaines semblent très bien se défendre contre des maladies systémiques comme le cancer du côlon. Bien sûr il ne s’agit pas de regretter l’hygiène ou les antibiotiques. Mais il faut trouver de meilleurs moyens pour mieux cibler les bactéries : attaquer les mauvaises et laisser proliférer les bonnes.

L’article donne pour exemple une classe de bactéries qu’on nomme les « tréponèmes« . Cette famille de microbes (de la même famille que le bacille de la syphilis, le fameux « tréponème pâle« ) se trouve chez toutes les populations traditionnelles du globe, mais elle a quasiment disparu de nos intestins occidentaux. Pourquoi ? Peut-être les médicaments contre la syphilis les ont-ils tués, avance Nautilus. On ne sait pas trop quelle est leur utilité dans l’organisme, mais on sait qu’ils possèdent des gènes jouant un rôle dans la digestion des hydrates de carbones complexes, ceux-là mêmes qui contiennent des fibres.

Ce problème de l’extinction massive pourrait expliquer pourquoi certaines personnes bénéficient d’un changement d’alimentation plus riche en fibres, alors que d’autres n’en profitent pas. Leur microbiome, appauvri peut-être dès leur naissance, n’est pas capable de produire, à lui seul, la diversité de bactéries nécessaire.

Pour retrouver une diversité microbienne, il faut donc « récupérer » ces micro-organismes, là où ils se trouvent. Dans la nature. Ainsi, depuis leurs travaux, les Sonnenburg se sont non seulement mis à adopter un régime riche en fibres (assez proche du régime méditerranéen) mais ils ont également adopté un chien et se sont mis au jardinage. Lorsqu’il compara sa diversité microbienne avec celle qu’il possédait plusieurs années plus tôt, avant ce changement de mode de vie, Justin Sonneburg constata que celle-ci avait augmenté de moitié. Une différence, a-t-il expliqué au journaliste de Nautilus, comparable à celle existant entre le microbiome d’un amérindien et celui d’un américain « moyen »…

Rémi Sussan